Najwyższym zwierzchnikiem Kościoła był następca św. Piotra na Stolicy rzymskiej, biskup rzymski, papież. Papieże dziedziczyli po św. Piotrze pełnię władzy, a przeto od początku Kościoła, broniąc prawdy, potępiali błędy, wyłączali niegodnych z Kościoła, decydowali w najważniejszych sprawach, a cały świat przyjmował z głęboką wiarą ich rozporządzenia. Tym też tłumaczy się cześć chrześcijan dla Stolicy Apostolskiej, dla papieży, oraz ubieganie się heretyków o zyskanie dla swych nauk poparcia papieży; tu też jest źródło nienawiści wrogów Kościoła do papieży, wskutek czego prawie wszyscy papieże pierwszych trzech wieków ponieśli śmierć męczeńską.

Na czele poszczególnej gminy chrześcijańskiej stał biskup; on dbał o służbę Bożą, on głównie udzielał sakramentów św., on był głównym nauczycielem i rządcą gminy; niekiedy tylko, w sprawach ważniejszych, zasięgał rady przybocznych kapłanów i ludu. Radę biskupów stanowili kapłani; przez święcenia otrzymywali oni władzę odprawiania Mszy św., udzielania chrztu, nauczania; w wykonywaniu zaś tych obowiązków byli zależni od biskupa; ponadto byli oni stróżami życia i obyczajów chrześcijan, sędziami w sprawach prywatnych. Niższe stanowisko od kapłanów zajmowali diakoni; zarządzali oni majątkiem kościelnym, opiekowali się chorymi, nawiedzali uwięzionych, nauczali przygotowujących się do chrztu katechumenów. Ponadto znane były w Kościele inne niższe urzędy.

Od początku Kościoła, w myśl zasad Chrystusa, domagano się, by słudzy ołtarza oddawali się całkowicie pracy nad uświęcaniem dusz; dlatego też na kapłanów święcono prawie zawsze bezżennych albo wdowców; ci zaś, co już przyjęli święcenia, nie mogli się żenić, chyba że wyrzekali się swego urzędu i przechodzili do stanu świeckiego. Pod koniec III wieku pierwotny zwyczaj celibatu (bezżeństwa) duchownych przyjął postać prawa. Stało się to ostatecznie na soborze w Nicei w 325 roku. Prawo to przyjęło się powszechnie na Zachodzie; natomiast na Wschodzie nie znalazło uznania.